An der Spitze der CDU Deutschlands steht seit dem 10. April 2000 die Parteivorsitzende Dr. Angela Merkel. Bei der Erfüllung ihrer Aufgaben unterstützt sie Generalsekretär Dr. Peter Tauber. Ihm zur Seite steht Bundesgeschäftsführer Dr. Klaus Schüler.
Mindestens alle zwei Jahre tritt der Bundesparteitag zusammen. Dessen 1.001 Delegierte beschließen über die Grundlagen der Politik der CDU und das Parteiprogramm. Der Bundesparteitag wählt den Vorsitzenden, den Generalsekretär, stellvertretende Vorsitzende, den Bundesschatzmeister und sieben weitere Mitglieder. Das höchste beschlussfähige Gremium zwischen den Parteitagen ist der Bundesausschuss.
Das Präsidium der CDU Deutschlands setzt sich aus der Vorsitzenden, dem Generalsekretär, den stellvertretenden Vorsitzenden, dem Bundesschatzmeister und sieben weiteren vom Bundesparteitag gewählten Mitgliedern zusammen. Soweit sie Mitglieder der CDU sind, gehören auch der Bundeskanzler, der Präsident oder Vizepräsident des Deutschen Bundestages, der Vorsitzende der CDU/CSU-Bundestagsfraktion und der Vorsitzende der EVP-Fraktion des Europäischen Parlamentes dem Präsidium an. Hinzu kommen die CDU-Ministerpräsidenten als kooptierte Mitglieder.
Mitglieder des Bundesvorstandes sind die Präsidiumsmitglieder, weitere 26 vom Bundesparteitag gewählte Mitglieder sowie die Vorsitzenden der Landesverbände und der Bundesvereinigungen.
Zur fachlichen Beratung und Unterstützung kann der Bundesvorstand Bundesfachausschüsse und Arbeitskreise einsetzen. Diese Gremien erarbeiten zum Beispiel Konzepte für die Politikfelder Bildungspolitik, Sportpolitik, Wirtschafts- und Finanzpolitik, Umwelt- und Energiepolitik, Forschung und Innovation, Medienpolitik, Familien- und Jugendpolitik oder Außen-, Sicherheits- und Europapolitik.
Die CDU ist eine föderal geprägte Partei. In insgesamt 17 Landesverbänden (davon 14 in den Bundesländern außer Bayern sowie je einer in Braunschweig, Hannover und Oldenburg), 27 Bezirksverbänden, 327 Kreisverbänden und über 10.000 Ortsverbänden engagieren sich bundesweit fast eine halbe Million CDU-Mitglieder.